El monitoreo de la calidad ecológica de los ecosistemas acuáticos es una línea de trabajo innovadora en el país, que permite analizar desde una perspectiva integral a los socioecosistemas, haciéndonos consientes de que el agua la compartimos con el resto de los seres vivos de las cuencas que habitamos y que todos sus elementos ambientales y sociales se encuentran interconectados. Incluye el análisis de parámetros físicos, químicos, paisajísticos y biológicos.